La similitude des noms de certains organes peut instiller une certaine confusion dans les esprits. Même certains journalistes confondent parfois les 3 institutions suivantes.
Le Conseil européen
Cette institution officielle de l’UE est composée des chefs d’Etat ou de gouvernement (présidents ou premier ministre) de tous les pays membres de l’Union européenne, de son président permanent (Herman Van Rompuy) et du président de la Commission européenne (José Manuel Barroso). Le haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité (Catherine Ashton) participe à ses travaux. Le Conseil européen définit les orientations politiques générales de l’UE.
Le Conseil
Cette institution officielle de l’UE se compose de ministres des gouvernements de tous ses Etats membres. Par exemple, le Conseil Environnement réunit tous les ministres de l’environnement des 27 Etats membres. Le Conseil de l’UE se compose de 10 formations, qui traite chacune de domaines bien définis (Affaires générales, Affaires étrangères, Justice & Affaires intérieures, matières économiques et financières, Compétitivité, Agriculture, Transport, Télécommunication et énergie, etc.) Le Conseil de l’Union européenne partage avec le Parlement le pouvoir d’adopter les actes législatifs européens.
Le Conseil de l’Europe
Cette organisation intergouvernementale fondée en 1949 n’est pas une institution de l’UE. Elle compte 47 pays membres, dont les 27 de l’UE. Ses objectifs sont de défendre les droits de l’homme, de promouvoir la diversité culturelle en Europe et de lutter contre les discriminations et l’intolérance. La Cour européenne des droits de l’homme et la convention européenne des droits de l’homme dépendent du Conseil de l’Europe.